南宋皇朝倾覆之际。几十万南宋军民乘船长驱到达澳门一带，有的踏上这片半岛汲取淡水、寻找食物，有的更将这片荒僻地辟成藏身之所。召集澳门半岛上名为"永福古社"的沙梨头土地庙，便相传邕建于南宋末年。大约在南宋末年至元初，澳门半岛上的望厦、（虫右加豪）镜等地，已是定居的居民点了。
在明成化年间，由居澳的福建莆田、泉州以及广东潮汕等地的居民集资，兴建妈阁庙。 始建时的妈阁庙，位于娘妈阁，初名海觉寺。妈阁庙历史逾五百年，十六世纪，葡萄牙人与日本人先後来华，他们都是利用澳门作为同中国通商的门户。初来时，在妈阁庙处登陆，葡人因此称澳门为“马交＂（MACAU），日人则称之为“阿妈港＂。实为闽语娘妈的一音之转而至。
明朝史书，叫做“蚝镜＂（濠镜），此後还有“濠江＂、“海镜＂、“镜湖＂等多个别名。大概因四、五百年前，本地蚝产丰富，南北两海湾，水静湾圆，有如明镜也。後来又称作澳＂。澳，泊囗；外国船只停航寄泊的地方。＂诸番求蚝镜为“澳＂，故称“蚝镜澳＂。地属香山县，亦称“香山澳＂。至於今名＂澳门＂，其由来则有多种传说，一“门＂是中国内河通往海洋的海峡总称，本地内港的妈阁庙，隔海同湾仔的银坑相望，形成海峡像门；一说本地南面对开的乙水仔、小横琴、路环、大横琴四岛离立对峙，海水贯流其间，成十字门状，所以亦有“十字门＂之称；又有一说本地南台山（妈阁庙山）和北台山（莲峰山），两山相封成门。总之，既是澳，亦有“门＂，便称澳门了。