青海三江源自然保护区位于我国的西部、青藏高原的腹地、青海省南部，为长江、黄河和澜沧江的源头汇水区。其东、东南部与甘肃省、四川省相邻，南部、西部与西藏自治区相接，北部分别与治多县的可可西里国家级自然保护区、海西藏族蒙古族自治州的格尔木市和都兰县交界，东北部与海南藏族自治州的共和县、贵南县、贵德县和黄南藏族自治州的同仁县接壤。地理位置为北纬31。39’~36。12’，东经89。45’~102。23’，行政区域涉及包括玉树、果洛、海南、黄南四个藏族自治州的14个县和格尔木市的唐古拉乡，总面积为15.23万km2，约占青海省总面积的21%。三江源自然保护区面积按流域分为：黄河源区面积4.05万km2，占保护区面积的26.6%；长江源区面积9.4万km2，占保护区面积的61.7%；澜沧江源区面积1.78万km2，占保护区面积的11.7%。
青海三江源地区地处青藏高原腹地，是长江、黄河、澜沧江三大河流的发源地。历史上，三江源区曾是水草丰美、湖泊星罗棋布、野生动物种群繁多的高原草原草甸区，被称为生态“处女地”。近些年来，随着全球气候变暖，冰川、雪山逐年萎缩，直接影响高原湖泊和湿地的水源补给，众多的湖泊、湿地面积缩小甚至干涸，沼泽地消失，泥炭地干燥并裸露，沼泽低湿草甸植被向中旱生高原植被演变，生态环境已十分脆弱。随着人口的无节制增加和人类无限度的生产经营活动，又大大加速了该地区生态环境恶化的进度。特别是草地大规模的退化与沙化，不仅使该地区草地生产力和对土地的保护功能下降，优质牧草逐渐被毒、杂草所取代，一些草地危害动物如鼠类乘虚而入，导致草地载畜量减少，野生动物栖息环境质量减退，栖息地破碎化，生物多样性降低。更为重要的是，随着源区植被与湿地生态系统的破坏，水源涵养能力急剧减退，导致三江中下游广大地区旱涝灾害频繁、工农业生产受到严重制约，并已直接威胁到了长江、黄河流域、乃至东南亚诸国的生态安全。
这一地区的严峻形势引起了党和政府及国际社会的广泛关注。1999年，中国探险协会组织了水资源专家与其他科学家对澜沧江的综合考察，通过考察提出了“开发大西北，保护三江源”的建议。这一建议得到国家林业局、青海省政府、中国科协及中国科学院和有关部门的重视与支持。2000年2月2日，国家林业局以林护自字[2000]31号文《关于请尽快考虑建立青海三江源自然保护区的函》下发青海省。青海省人民政府立即组织有关部门编写了青海三江源省级自然保护区规划初步意见，并在2000年3月21日，由国家林业局、中国科学院和青海省人民政府联合召开了“青海三江源自然保护区可行性研讨会”，会议认为：“中华水塔”面临着严重威胁，建立三江源自然保护区是西部大开发中生态环境建设的一大战略任务，不仅将为西部地区的开发创造良好的自然环境，也为我国及东南亚各国的经济发展及生态安全提供重要保证。加强三江源区的生态保护是历史赋予中国人民的重要使命，不仅意义重大，而且刻不容缓。目前，建立保护区的时机和条件基本成熟，要不失时机地推进三江源自然保护区的建设。会后，青海省人民政府经过认真调研，于2000年5月批准建立三江源省级自然保护区，并于2001年9月批准成立了青海三江源自然保护区管理局。
三江源自然保护区的建立受到了党和国家领导人的高度重视，江泽民总书记亲笔题写了“三江源自然保护区”碑名，人大常委会副委员长布赫题写了碑文，表达了中国政府对生态环境保护的决心。为具体落实江泽民总书记“再造一个山川秀美的西北地区”的重要指示，为西部大开发创造一个良好的生态环境，国家林业局将三江源自然保护区建设作为全国重点林业生态建设工程的“旗舰工程”，已先期于2001年投资启动实施。
2001年8月，国家级自然保护区评审委员会办公室派出专家组赴三江源地区进行了实地考察，国家环境保护总局、国家林业局、农业部、水利部也派员参与了考察。依据这次考察的成果，国家林业局规划院和三江源保护区管理局依制定三江源保护区2001-2010年的10年建设总体规划。2003年1月，国务院正式批准三江源自然保护区晋升为国家级。《青海三江源国家级自然保护区总体规划》就是在原有规划的基础上，按照国家级保护区总体规划编制要求、结合三江源保护区及主管部门提出的修改意见进一步修改而成。该规划将作为青海三江源自然保护区中长期建设的纲领性文件