余英时1930年生于天津，祖籍却是安徽潜山，他选择历史学与家庭的影响有关，他父亲就是当时南开大学的历史系主任。余英时1949年考入北平燕京大学历史系。但余英时并未在燕京大学待多久，当年他就离开北京去了香港。
当时钱穆先生正在创办香港新亚书院，经钱穆亲自题试后，余英时成为该学院二年级学生。从1950年至1955年，余英时就在香港新亚书院及新亚研究所跟随钱穆学习，并与钱穆先生结下了长达四十年之久的深厚情谊。余英时师承钱穆“从历史上去寻找中国文化的精神”的治学理念，认为学术研究本身便具有内在的批判力，学者只要长期从事严肃的研究工作，他们的最后创获自然会对政治与社会透射一种深刻的批判作用，在人文研究方面尤其如此。
余英时于1952年新亚书院毕业后即想赴美求学，但是几经波折，直到1955年才以无国际身份来到美国，就读于哈佛大学历史系，师从哈佛燕京社的汉学家杨联升。杨联升是除钱穆外，对余英时产生过重要影响的学者。1962年余英时获得了历史学博士。
哈佛毕业后，余英时历任哈佛大学中国史教授、耶鲁大学历史讲座教授。
因为从前求学的渊源，余英时1973年又回到了香港新亚书院，担这次是担起了校长的重任。期间他还兼任香港中文大学副校长一职。
二十世纪八十年代中后期余英时任美国普林斯顿大学讲座教授，1991年到1992年兼康乃尔大学首任胡适讲座访问教授。
余英时毕生与大学有不解之缘，他在密西根大学教了四年、哈佛教11年、耶鲁十年、普林斯顿14年。
1974年余英时当选为台湾中央研究院院士。那是一个从胡适、傅斯年、钱穆以来就有着深厚根基的研究机构，余英时的当选是他的荣誉，也是中研院的有福。
余英时治学自史学起，后达至中西、古今贯通，其对儒家思想及中国道统文化的现代诠释自成一体。他的中、英文著述多达数十种。《士与中国文化》、《中国思想传统的现代诠释》、《文化评论与中国情怀》、《中国文化与现代变迁》、《犹记风吹水上鳞－钱穆与现代中国学术》、《现代儒学论》等，传承中有创新，其学术思想和研究方法为中外史学界提供了不可多得的重要参照系。
其中的《士与中国文化》，在中国国内一再加印，很具影响，这是一本集结了12篇历史研究的专论，主要的对象都是“士”，采取了文化史和思想史的角度来看中国历史上的士人所扮演的角色和所起的作用。
在《到思维之路》中，余英时谈到中国已成为历史上思想战争战火最激烈的角落，学术界激荡着形形色色的思潮，其结果是铲除了旧有的一切思想根基，摧毁了西方学术界传布过来的一切思想幼苗，带来的并不是创建，而是教条，束缚了全中国人的智慧。 余先生指出，中国知识界还没有完全摆脱殖民地的心态，一切以西方的观念为最后的依据。甚至反西方的思想也还是来自西方，如依赖理论、批判学说、解构之类，有些所谓思潮似乎是临时借西方人的杯酒来浇自己胸中的块垒。
在《中国思想传统及其现代变迁》一书中，他把一个史家的深浓学养和一个现代知识分子的价值关怀结合得相当成功，正如他自己说的，“一个知识分子必须具有超越一己利害得失的精神。他在自己所学所思的专门基础上发展出一种对国家、社会、文化的时代关切感。这是一种近乎宗教信持的精神。用中国的标准来说，具备了类似‘以天下为己任’的精神才是知识分子。”
余英时的气质中自有一种独特的人格魅力，他的尊严在于他从不为学术外的其它势力所束缚。作为追求纯粹的学人，他以一种史学家的敏锐透射现实，尽管“一生祸尽文字出”，他还是坚守着一份传统知识分子的“迂”，一种单纯的倔犟。
治学上一丝不苟、铮铮风骨的余英时，为人却是很质朴平实、感情醇厚。在“究天地之际，通古今之变”的寂寞学术生涯中，他与夫人陈淑平相濡以沫，白头偕老。在主持普林斯顿中国学社工作时，有很多远道而来的学生，余英时总是热情接待，不辞辛劳，践行的是仁者爱人、提携后进的传统。
2001年余英时从普林斯顿大学退休，但仍然保留了荣誉教授头衔，定居在美国。
2006年11月，余英时获得美国国会图书馆颁发的有“人文诺贝尔奖”之称的克鲁格人文与社会科学终身成就奖。
余英时作品
《士与中国文化》
《现代儒学论》
《历史与思想》
《史学与传统》
《历史人物与文化危机》
《方以智晚节考》
《论戴震与章学诚》
《汉代中外经济交通》
《汉代贸易与扩张》
《文化评论与中国情怀》
《红楼梦的两个世界》
《中国文化与现代变迁》
《中国近代思想史上的胡适》
《现代儒家的回顾与展望》
《中国思想传统的现代诠释》
《方以智晚节考》
《文史传统与文化重建》
《现代危机与思想人物》