水污染危害工农业生产，危害人体健康，破坏生态平衡，破坏鱼类的生存条件，使水利变为水害，加重了水资源的危机。为此在《水法》第六条中规定：“各单位应当加强水污染防治工作，保护和改善水质。各级人民政府应当依照《水法》的规定，加强对水污染防治的监督管理。”
《水污染防治法》及相配套的行政法规，对水污染防治有下列主要规定：
（1）《水污染防治法》明确了环保部门是对水污染防治实施统一监督管理的相关。水利部门结合自己的职责协同环保部门对水污染防治实施监督管理。环保部门的工作侧重点放在污染源的监督管理；水行政部门的工作侧重点放在江河水质保护。二者相辅相成，密切协同配合才能收到实效。
（2）污染源的监督管理和控制方面，对于新建扩建改建的工程项目，实行环境影响报告书制度。环境影响报告书必须对建设项目可能产生的水污染和对生态环境的影响作出评价，规定防治措施，按照规定的程序审批。建设项目在实施时，必须贯彻主体工程与污染防止设施同时设计同时施工同时投产的“三同时”规定。水污染防治设施未经环保部门验收合格，工程不能投产。
（3）对于直接或间接向水体排放污染物的企事业单位，应当按章向环保部门申报登记，接受环保部门的监督管理。《水污染防治法》还规定了实行排污收费制度和超标排污收费制度，作为控制水污染的经济手段。在水污染的监督管理中水行政主管部门和水利部门，按照自己职责，协同环保部门做好监督管理工作。
（4）在生活饮用水源地，风景名胜区水体、重要渔业水体和其他有特殊经济文化价值的水体的保护区内，不得新建排污口。在保护区附近新建排污口，必须保证护区水体不受污染，排放污染物超过国家或者地方标准的应当治理，危害饮用水源的排污口，应当搬迁。在运河、渠道、水库等水利工程内设置排污口应当经济有关水利工程管理部门的同意。
（5）建立和健全水污染监测体系。环保部门以环境监测站为主体，水利部门以水文测验站为主体，二者发挥各自的优势密切配合，形成完整的水污染监测系统，为水污染防治规划、治理、管理、提供科学依据。
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