申请签证时家人户口不在一起怎么办

我建议你最好去公证处做一个家庭成员的公证声明，因为公证是具有法律效果的，而且最好是中英文的，以便签证官看。

http://www.soso.com/q?w=%D4%F5%D1%F9%D0%B4%BA%C3%20%D6%AA%C8%D9%C8%E8%20%CA%F7%D0%C2%B7%E7%20%B5%C4%D1%DD%BD%B2%B8%E5&ch=t.d
国人一般的情况下递交结婚证的公证书，如果是将结婚证原件送交入管局查看后留档复印件的话最好。让自己的配偶以[家族滞在]的在留资格接到日本的话，是需要递交户口本的复印件。结婚后夫妻不再同一个户口本上，客观的讲给人不自然的感觉。解决的办法如下：变更到同一个户口簿上，不论是到男方还是女方。